帝国少女讲述的是一个生在未来人工智能时代的故事。
故事的主人公贝贝，是一个机器人，她拥有精致的外表，少女的身形，以及甜美的嗓音，她是一个陪伴型的机器人。
专门用于陪伴孤独的，寂寞的人，像伴侣一样跟他们生活在一起，填补他们内心的空虚。
但不同于人的是，贝贝是没有感情的，她只是冷冰冰的机器。
她被制造出来的时候，被男主人公杉尼买走了。
杉尼是个患有自闭症的天才少年，他虽然拥有无人能及的才华，但是却因为自闭症无法与人交流，因此一直孤单一个人。
父母忧心他未来的生活，于是让买下了贝贝来陪伴他。
一开始杉尼对贝贝很是抵触，但渐渐的被贝贝的温柔和体贴所吸引了。
尽管他明白贝贝只不过是出于研者对她的*，她才会这样对他，可他还是无可自拔的深陷进去。
渐渐的，贝贝被杉尼所感染，有了自主意识，她也开始喜欢杉尼。
两人像热恋的情侣一样生活了一段时间。
有一天，贝贝的大脑突然接收到了一道指令，来自她的研者，并且这导致令她无法抗拒。
研者要求他盗走杉尼的研究资料，并且将资料传给他。
杉尼是个天才科学家，他研究的课题对整个人类社会，甚至整个世界，都具有极大的影响力。
她知道这些资料对杉尼的重要『性』，她想抗拒，可是她抗拒不了，因为她大脑的芯片受研者的控制。
研者并不知道她已经有了自主意识，不停的向她下达命令，贝贝苦不堪言，最后迫不得已盗取了杉尼的资料。
还没来得及走，被杉尼现了。
于是杉尼像一头暴怒的野兽，他觉得自己被欺骗了，他义无反顾的爱了一个机器人少女，可这个机器人却一直在欺骗他！
她仿佛在嘲笑自己的愚蠢，嘲笑自己竟然对一个没有感情的机器人付出感情，他感受到了前所未有的耻辱！
于是他开始了疯一样，将贝贝毁掉了，贝贝的资料也没能出去。
其实贝贝已经打算违抗自己的意志，将资料毁掉了，杉尼毁了她，也是给了她一个解脱。
因为她终于不用活在煎熬，不用背叛自己的爱人了。
杉尼冷静下来的时候，开始后悔，开始想尽一切办法恢复贝贝，可是已经太晚了。
于是他向贝贝的研者起了复仇。
女二号是在这个时候出现，她是杉尼的青梅竹马，也是一个科学家，她一直默默爱着杉尼。
她知道了这件事之后，协助杉尼开始向研者复仇。
此时研者又研出了一个战斗『性』的机器人，代号为化蝶。
她拥有黑暗冷艳的外表，与杉尼和女二号对抗，不停的保护着研者，研者对她出了一道又一道过分的指令。
其实化蝶已经拥有了自己的自主意识，但她深爱着研者，因此没有违抗研者的任何命令。
最后她死在了研者面前，为他挡掉致命的一击。
